Među slikama posebnom se vrijednošću ističe poliptih “Bogorodica sa svecima” Blaža Jurjeva Trogiranina iz 1431. g. Izložene su renesansne slike talijanskih majstora 16. st., kao i slike talijanskih baroknih majstora iz 17. i 18. st. Moderno hrvatsko slikarstvo s kraja 19. te 20. st. zastupljeno je djelima Miroslava Kraljevića, Mate Celestina Medovića, Ede Murtić i drugih. Od crteža se ističu oni talijanskih majstora iz razdoblja visoke renesanse pa do 19. st., te zbirka graditeljskih i kiparskih crteža iz 17. st., poznatija pod nazivom “Korčulanska bilježnica”. Od kiparskih djela treba spomenuti djela Ivana Meštrovića i Frana Kršinića. Izložene su i zavjetne pločice, medalje i pečati, stare crkvene knjige i kodeksi od 12. do 18. st., među kojima se ističu “Korčulanski kodeks” i notni neumatski zapis, oba iz 12. st. te bogata numizmatička kolekcija u rasponu od helenizma do 20. st.

Vrijedno je i liturgijsko posuđe te relikvijari, kao i crkveno ruho, misnice, plaštevi, dalmatike i mitre iz razdoblja 15. -19. st. Od ostalih predmeta vrijedi spomenuti raskošnu kasnogotičku biforu iz radionice Marka Andrijića iz 15. st., biskupski tron s kraja 18. st., kao i grbove 36 korčulanskih biskupa (1300. – 1830.) te četiriju mitronosnih opata (1876. -1971.). U lapidariju su izloženi brojni fragmenti kamene plastike korčulanske katedrale iz 15. i 16. st. U ambijentu “Stara kuhinje” izloženo je glineno i keramičko posuđe izvađeno s potopljene rimske galije iz 1. st. te s bizantskog broda stradaloga u brodolomu u 6. st. Tu je i zbirka kositrenoga i bakrenog posuđa i porculana iz vremena 16. – 19. st.